МКНЦ образовался в 2013 году путём объединения Центрального научно-исследовательского института гастроэнтерологии, Клиники женского здоровья и городской клинической больницы № 60. 

Столичный градоначальник Сергей Собянин отметил высокую технологичность и  профессионализм специалистов этой клиники, что позволяет проводить в МКНЦ сложнейшие операции. «МКНЦ — это один из ведущих московских центров, который осуществляет уникальные операции в области гастроэнтерологии, онкологии. Вот я сейчас буквально общался с больным, которому удалили одномоментно четыре опухоли. Это, конечно, сложнейшая уникальная операция. В клинике применяется новейшее оборудование, в том числе и робот Da Vinci, которых уже в городе четыре, и они активно начинают работать», — подчеркнул Мэр Москвы С. Собянин. 

Роботы Da Vinci стали помощниками в московских медицинских учреждениях с 2013 года, когда Департамент здравоохранения города Москвы впервые приобрел четыре таких аппарата. В прошлом 2014 году в столичных клиниках провели уже более 400 операций с участием роботов Da Vinci. 

Московский клинический научно-практический центр располагается на территории 18 объектов. Корпуса клиники на данный момент имеют 950 стационарных коек, 70 мест для дневного стационара и 24 реанимационные койки. Профильным направлением этого центра стало гастроэнтерологическое лечение, урология, гинекология, онкология, эндокринология, а также ортопедия, ревматология и сложные травмы. 

Передовой научно-практический медицинский центр активно занимается внедрением малоинвазивных лапароскопических методов хирургического вмешательства. В этой сфере МКНЦ удалось достичь поразительных результатов: 70 процентов операций выполняются лапароскопически. Таким образом, по этому показателю московская клиника превосходит многие мировые медицинские учреждения. 

Роботические операции в этом центре используются для лечения прямой кишки, печени и предстательной железы. 

Однако, Мэр Москвы Сергей Собянин отметил, что материальная база и состояние помещений больницы находятся не в самом хорошем состоянии. Поэтому глава столицы принял решение провести обширный ремонт и реконструкцию корпусов клиники. Так, в 2014 году уже был осуществлен ремонт отделения гепатопанкреатобилиарной хирургии, отделения ортопедии и сложной травмы, а на ближайший год запланировано проведение капремонта в четырех корпусах, пищеблоке и переходе. Проектные работы в этом направлении уже начались.